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要搞清楚子公司與分公司的關系，首先要搞清楚母子公司的關系和總分公司的關系。

一、母子公司的主要關系

子公司是具有獨立法人資格的企業，承擔獨立的法律責任，在對外法律關系上屬于相互獨立的。母子公司之間存在的只是控制與被控制、參與與被參與的股份經濟利益關系，有可能是全額控股關系，也可能是母公司占據子公司一定比例的股份關系。對于符合條件的母子公司之間（主要看是否有控制關系），母公司可以合并報表，對外公布合并后的經營業績，用于反映母公司的整體經營狀態。對于上市公司來說，這種反映成果可以直接影響公司的股票市價。當然，我國的股市有特殊的地方，可以與市值相脫節，各干各的事。由此可見，母子公司之間在財務上是完全實行獨立核算的，企業所得稅屬于相互獨立的所得稅納稅人，分別申報納稅。在所得稅上容易引起稅務機關關注的是相互之間的關聯交易關系，要求視同獨立納稅人之間的交易作為定價等原則，不得利用稅收差異，從事計稅所得的轉移，達到少繳稅收的目的。

因此，子公司在企業所得稅上是屬于獨立的納稅人。

二、總分公司的主要關系

總公司的法人企業，可以下設多個分公司。分公司是從屬于總公司而存在的。也就是說，沒有總公司就沒有分公司。但母子公司雖然在字眼上看更象生養關系，但實際上反而不是。子公司可以沒有母公司而獨立存在，只是失去了母子的經濟關聯關系（我看，倒是更像聯姻關系）。

在正常情況下，分公司的所得稅是由總公司統一核算、就地預繳、匯總清算繳納的。具體來說，總公司對匯總后計算的所得稅在總分公司之間按照五五比例進行分攤預繳。分公司之間對50％部分在各分公司之間按照確定的分配方式進行分攤，并各自就地預繳。

各分公司所在地稅務機關原則上不首先接受分公司進行所得稅獨立申報，而是要求按照總公司所得稅分配表進行就地預繳。但只有分公司不能提供總公司所得稅分配表、也無法提供“稅總2012年57號公告”第二十三條規定的相關證據證明其二級及以下分支機構身份的情況下，則按照獨立所得稅納稅人進行管理。

因此，分公司在企業所得稅上原則上實行就地按照總公司所得稅分配表就地預繳，由總公司再匯總清算繳納。

結論：子公司與分公司在企業所得稅上的主要區別是：子公司屬于獨立納稅人，就地進行申報繳納所得稅；分公司在所得稅上不屬于獨立納稅人，原則上根據總公司的所得稅分配進行就地預繳，特殊情況下才參照獨立納稅人就地申報繳納。